Sposób wykonywania zabiegów jonoforezy jest bardzo zróżnicowany ze względu na dużą liczbę stosowanych leków, jak i ściśle określonych wymogów, które muszą być spełnione przy wykonywaniu zabiegów na określonych częściach ciała. Jednak można określić podstawowe zasady obowiązujące podczas wykonywania zabiegu jonoforezy.
Należy wykorzystywać dobre aparaty wytwarzające prąd stały, w których jest możliwość dokładnego i płynnego dawkowania natężenia prądu. Przed zabiegiem skóra powinna być dokładnie oczyszczona i odtłuszczona. Należy pamiętać aby w przypadku leczenia maściami działającymi miejscowo odczekać około tygodnia od zakończenia leczenia. Podkład z gazy powinien mieć grubość około 1,5-2 cm i powinna ona być większa od elektrody o około 2 cm. Elektrody wraz z podkładem należy przykryć ceratką lub folia plastykową, a następnie przymocować elektrody za pomocą opaski. Rozmiary i kształt elektrod dobiera się w zależności od okolicy na którą będzie wykonywany zabieg.
W czasie zabiegu należy bardzo dokładnie kontrolować doznania pacjenta, występowanie niepokojących objawów jest sygnałem do przerwania zabiegu. Nie należy wykonywać zabiegu w miejscu gdzie nastąpił ubytek naskórka. W uzasadnionych przypadkach taki ubytek można zabezpieczyć cienką warstwą wazeliny lub parafiny.
Podczas stosowania w czasie zabiegu leków rozszerzających naczynia krwionośne należy po zakończeniu jonoforezy bacznie obserwować odczyn jaki się pojawił na skórze. Jest on miernikiem poprawności wykonania zabiegu. Podkłady nasycone lekiem należy używać jednorazowo.
Czas trwania zabiegu jonoforezy jest zależny od rodzaju leku, stadium choroby a także wrażliwości chorego na prąd elektryczny, średnio wynosi on 10-30 min. dłuższe stosowanie jonoforezy może być szkodliwe na skórę. Pełny cykl zabiegów powinien wynosić 10-20 zabiegów.