Istnieje bardzo wiele wskazań do magnetostymulacji, najważniejszymi z nich są: choroba zwyrodnieniowa stawów kręgosłupa oraz dużych stawów, reumatoidalne zapalenie stawów, złamania kości -choroba Sudecka, urazy sportowe więzadeł i mięśni, ścięgien i stawów, trudno gojące się rany i oparzenia, nerwobóle nerwu kulszowego, zaburzenia krążenia obwodowego. Ważny ze względów terapeutycznych jest również przeciwbólowy wpływ pól magnetycznych o małej częstotliwości.
Najdłuższe obserwacje kliniczne dotyczą stosowania magnetoterapii w chorobie Parkinsona, stwardnieniu rozsianym oraz zespołach bólowych narządów ruchu na tle zwyrodnieniowym. Istnieją również dobrze udokumentowane wskazania po udarach mózgu, chorobie Alzheimera, migrenie i owrzodzeniach. Magnetoterapia wykazuje również działanie uspokajające i stabilizuje układ nerwowy.
Magnetoterapię można z powodzeniem łączyć z innymi zabiegami fizykoterapii takimi jak, ultradźwięki, diatermia krótkofalowa, laseroterapia biostymulacyjna oraz różna zabiegi elektrolecznicze i masaż. Można również stosować z zabiegami wodnymi.
Przeciwwskazaniem do magnetoterapii jest czynna choroba nowotworowa, uzyskana w tej terapii poprawa ukrwienia i utlenowania, może teoretycznie przyspieszyć wzrost komórek nowotworowych. Ostrożność nakazuje wyłączenie chorych z elektronicznymi implantami z zabiegów z użyciem pola magnetycznego. Wśród przeciwwskazań można wymienić również gruźlicę płuc, krwawienie z przewodu pokarmowego, ostrą niewydolność wieńcową, ciężkie infekcje pochodzenia bakteryjnego, wirusowego i grzybiczego.