Wskazania do jonoforezy są zależne od rodzaju zastosowanego leku:
Jonoforeza sodu: blizny, przykurcze bliznowate.
Jonoforeza wapnia: stany zapalne gałki ocznej, zaburzenia naczynioruchowe, zespół Sudecka, utrudniony zrost kości.
Jonoforeza prokainy lub lidokainy: nerwobóle, zespół rwy kulszowej, bóle głowy, zaburzenia wymowy, dychawica oskrzelowa.
Jonoforeza histaminy: samorodna sinica kończyn, odmroziny, zespół bólowy rwy kulszowej, przewlekłe stany zapalne stawów i zapalenia okołostawowe, owrzodzenia troficzne.
Jonoforeza epinefryny: stany zapalne gałki ocznej, wspólnie z lidokainą lub prokainą w leczeniu stanów bólowych.
Jonoforeza antybiotyków: bakteryjne stany zapalne skóry i tkanek miękkich.
Jonoforeza hydrokortyzonu: stany zapalne skóry, tkanek miękkich, drobnych stawów i pochewek ścięgnistych, stany zapalne gałki ocznej.
Jonoforeza tolazoliny: zaburzenia w ukrwieniu nerwu wzrokowego i siatkówki, zaburzenia ukrwienia obwodowego.
Pamiętać należy, że jony działające korzystnie w schorzeniu podstawowym mogą być przeciwwskazaniem ze względu na choroby współistniejące. Wskazania i przeciwwskazania do jonoforezy ustala lekarz.