W przypadku wrodzonych wodniaków jąder płyn pochodzi z jamy otrzewnej. Zstępujące jądro pociągać może za sobą wyrostek pochwowy otrzewnej, który u wielu chłopców w wieku niemowlęcym jest otwarty, a to z kolei umożliwia przemieszczanie się płynu z jamy otrzewnej do osłonek jądra. Jest to tzw. wodniak komunikujący się i może on zmieniać swoją objętość w zależności od pozycji ciała i aktywności ruchowej. W przypadku gdy kanał ten jest dość szeroki istnieje możliwość wejścia w jego światło jelita, co prowadzi do powstania przepukliny pachwinowej. W normalnych warunkach około pierwszego roku życia kanał ten powinien zarosnąć a wodniak ulec wchłonięciu. Jeśli do tego nie dojdzie, jest to tzw. wodniak niekomunikujący się.
W przypadku gdy wyrostek pochwowy otrzewnej zarośnie nierównomiernie, powstać może tzw. wodniak powrózka nasiennego, który polega na gromadzeniu się płynu wzdłuż przebiegu powrózka nasiennego. Podobnie wystąpić może tutaj wodniak komunikujący lub niekomunikujący się. Tego rodzaju wodniak również może ulec samoistnemu wchłonięciu się po zarośnięciu się połączenia z jamą otrzewnej.
Marta P