Zajęcie odcinka lędźwiowego daje w początkowym okresie bolesność, wyrównanie krzywizny lędźwiowej, wzmożone napięcie mięśni przykręgosłupowych, następnie stopniowe ograniczanie ruchomości, prowadzące do usztywnienia.
Zajęcie odcinka piersiowego kręgosłupa wraz ze stawami żebrowo-kręgowymi i żebrowo-poprzecznymi może powodować opasujące bóle klatki piersiowej, prowadzi do kifozy tego odcinka, do ograniczenia ruchomości i usztywnienia klatki piersiowej.
Bóle w klatce piersiowej nasilają się podczas oddychania, promieniują od strony kręgosłupa wzdłuż żeber, co odróżnia je od bólów w przebiegu zapalenia opłucnej. Tor oddechowy staje się całkowicie przeponowy. Pojemność życiowa płuc jest zmniejszona.
Zajęciu odcinka szyjnego kręgosłupa początkowo towarzyszy bolesność przy ruchach głową, a następnie ograniczenie ruchomości aż do całkowitego usztywnienia. Chory, chcąc obejrzeć się za siebie, musi obrócić się całym tułowiem. Opisywano również samoistną luksację kręgu obrotowego i szczytowego w przebiegu ZZSK oraz występowanie złamań odcinka szyjnego kręgosłupa nawet przy niewielkich urazach.
Zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa może atakować tylko sam kręgosłup, jak również stawy kończyn. Zajęcie stawów obwodowych ma zwykle charakter ostrego zapalenia pojedynczego stawu, najczęściej biodrowego, kolanowego lub skokowego. Stawy nadgarstkowe i barkowe zajęte są rzadziej, stawy rąk i stóp wyjątkowo. Często natomiast pojawia się ból i obrzęk w okolicy stawów mostkowo-obojczykowych.
Chorzy skarżą się ponadto na bóle pięt, sprawiające trudności w czasie chodzenia, spowodowane entezopatią rozcięgna podeszwowego lub ścięgna Achillesa. Podczas zaostrzeń choroby występują objawy ogólne - gorączka, utrata masy ciała. Zajęcie stawów kręgosłupa, stawów rąk i stóp określa się nazwą postaci skandynawskiej ZZSK.