Ze strony narządów wewnętrznych w przebiegu zesztywniającego zapalenia stawów kręgosłupa (ZZSK) stwierdza się:
- niedomykalność zastawek tętnicy głównej (5%), będącą wyrazem zapalenia aorty (aortitis spondylitica),
- w około 30% przypadków ZZSK występuje zapalenie błony naczyniowej przedniego odcinka oka. Podkreśla się znaczenie wystąpienia ostrego zapalenia tęczówki jako pierwszego objawu zwiastującego późniejsze ujawnienie się zmian stawowych. W ZZSK zapalenie tęczówki i ciałka rzęskowego ma przebieg ostry z silnym podrażnieniem, światłowstrętem i bólem oka. Może ono przebiegać z wieloma nawrotami, z których każdy pogarsza stan oka i może z biegiem lat doprowadzić do bardzo ciężkich powikłań w narządzie wzroku w postaci zarośnięcia źrenicy, zaćmy i jaskry, które mogą stać się przyczyną ślepoty.
- skrobiawica jest jednym z ciężkich powikłań ZZSK - zajęcie nerek przez złogi amyloidu może prowadzić do ich niewydolności.
- powikłania neurologiczne są rzadkie - należą do nich: zapalenie korzeni nerwowych (radiculitis) w okolicy krzyżowej oraz porażenia spowodowane złamaniem usztywnionego kręgosłupa szyjnego.
- choroby współistniejące to często choroba wrzodowa żołądka lub dwunastnicy, a także zakażenia dróg moczowych.
- mimo znacznego zmniejszenia pojemności życiowej płuc i zwiększenia ilości powietrza zalegającego, niewydolność oddechowa i przewlekłe zakażenia płucne nie są charakterystyczne dla ZZSK.