Masaż podwodny jest wykonywany w środowisku wodnym, najczęściej pacjent znajduje się w specjalnej wannie lub basenie kinezyterapeutycznym. Tak jak w większości urządzeń do hydromasażu i to zbudowane jest z pompy pobierającej wodę z wanny, sprężarki oraz systemu grzewczego. Osoba poddawana takiemu zabiegowi powinna wygodnie usiąść w wannie (lub basenie). Ciśnienie wody stopniowo zostaje zwiększane w trakcie trwania zabiegu. Masaż podwodny jest bardzo rozpowszechniony u osób z chorobami narządu ruchu, z nerwobólami, w szczególności nerwu kulszowego.
Przy wszelkiego rodzaju chorobach krocza stosuje się masaż podwodny natryskowy, w tym przypadku pod siedzącym pacjentem znajduje się nasadka sitkowa. Wyskakujące z niej ciśnienie wody uderza w okolic krocza pacjenta. W tym zabiegu używa się wody chłodnej.
Masaże podwodne wykorzystuje się w leczeniu nerwic, stanów wyczerpania psychicznego, nerwobólów, różnych postaci gośćca stawowego i tkanek miękkich, zaburzeń ukrwienia obwodowego.
Zabiegów masażu podwodnego nie należy wykonywać u osób z niewydolnością krążenia, chorobą nadciśnieniową, chorobą wieńcową, w stanach padaczkowych, w stanach wyniszczenia, w zapaleniu nerwów i nerwobólach w ostrym stadium oraz u osób z zaawansowaną nerwicą serca.