Diagnostyka kleszczowego zapalenia mózgu polega na izolacji wirusa z płynu mózgowo-rdzeniowego lub z krwi. Można również przeprowadzić próbę biologiczną polegającą na wszczepieniu zwierzęciu laboratoryjnemu do mózgu krwi lub surowicy chorego a następnie obserwacji jego zachowania i analizie skrawków mózgowych zwierzęcia.
Najczęściej jednak wykonywane są badania serologiczne przy użyciu technik immunoenzymatycznych (test ELISA, test EIA) oraz wykrywanie swoistych przeciwciał w klasie IgM i IgG przy użyciu FSE-antygenu sprzężonego z peroksydazą chrzanową. Przeciwciała w surowicy osób cierpiących na KZM można również wykrywać przy użyciu testu immunofluorescencji czy inhibicji hemaglutynacji. Dostępne są również komercyjne testy, które zawierają oczyszczone i inaktywowane antygeny wirusa KZM. Pozwalają one wykrywać przeciwciała IgM i IgG. Wykryte przeciwciała IgM świadczą o ostrej fazie choroby, a IgG są pozostałością po kontakcie z wirusem KZM. W najwcześniejszym etapie choroby nie jest możliwe wykrycie przeciwciał, dlatego tez często uzyskuje się wyniki fałszywie ujemne. Czasami jako metoda uzupełniająca wykonywany jest Western blotting. Możliwe jest również wykrywanie specyficznych sekwencji RNA wirusa w płynie mózgowo-rdzeniowym lub surowicy przy pomocy reakcji RT-PCR. Metoda ta pozwala na wykrycie wirusa jeszcze przed pojawieniem się przeciwciał.
Marta P